A paralisação só é recomendada para casos em que haja potencial risco de prejuízo ao governo ou a terceiros. Cabe ao Congresso Nacional aceitar ou não a recomendação e mandar paralisar as obras.

O TCU encontrou irregularidades nas seguintes obras do PAC: o trecho da Ferrovia Oeste-Leste (Fiol) entre Caetité e Barreiras, na Bahia; o trecho da Ferrovia Norte-Sul em Tocantins; a implantação e pavimentação da BR-488 no Rio Grande do Sul; e a construção de ponte sobre o Rio Araguaia na BR-153, em Tocantins. Todas essas obras já haviam recebido a mesma recomendação do TCU em fiscalização feita há um ano.

No caso da Fiol, o TCU apontou como causa das irregularidades o projeto básico deficiente. Na Norte-Sul, o problema foi o sobrepreço encontrado em serviços, insumos e encargos. Na BR-448 (RS), o TCU descobriu itens superfaturados; e na ponte sobre o Rio Araguaia, projeto básico deficiente e sobrepreço.

O TCU recomendou também a retenção parcial do repasse de recursos para outras seis obras do PAC. São elas: Canal do Sertão (AL); trens urbanos de Salvador (BA); trens urbanos de Fortaleza (CE); trecho da Ferrovia Norte-Sul em Goiás; construção da refinaria Abreu e Lima em Recife (PE); e obras de infraestrutura hídrica e da adutora Pirapama (PE). Também cabe ao Congresso aceitar ou não a recomendação.

A fiscalização do TCU foi feita em uma amostra de 136 obras financiadas total ou parcialmente com recursos da União, entre julho de 2012 e junho deste ano, nas áreas de aviação, transporte, energia, educação e infraestrutura hídrica. A dotação orçamentária dessas obras neste ano somou R$ 34,7 bilhões. As informações são enviadas ao Congresso para subsidiar a Lei Orçamentária Anual de 2014.

Segundo o órgão, as ações realizadas neste ano geraram benefícios efetivos de R$ 484 milhões. O valor pode chegar a R$ 1,2 bilhão. Fora do PAC, o TCU recomendou ainda a paralisação de outras três obras e a retenção do repasse de valores para outras duas obras.