O Expresso Jundiaí terá quase metade do trajeto feito por meio de túneis. Do percurso de 47 quilômetros, cerca de 20 serão subterrâneos. Ainda haverá 1,3 km por elevados e pontes. O restante da linha, 26 quilômetros, será pela superfície.

Parte do trecho em superfície deve aproveitar o leito ferroviário já existente, da Linha 7-Rubi da Companhia Paulista de Trens Metropolitanos (CPTM) - o traçado original da ligação entre as duas cidades foi feito em 1867. A comparação entre o serviço atual da CPTM e a proposta do trem expresso, entretanto, para no percurso. Os trens atuais têm características de vagões de subúrbio ("metrô de superfície", como o Estado promete): intervalos curtos, poucos assentos, mais passageiros em pé e integração tarifária com o metrô e a rede de ônibus da capital.

Já na ligação expressa a proposta é que o passageiro viaje sentado e as composições tenham horário certo para sair das estações. O governo promete uma composição confortável, com internet Wi-Fi em todo o percurso.

Os detalhes do traçado estão no projeto do trem apresentado em audiências públicas feitas pela Secretaria de Estado dos Transportes Metropolitanos no mês de julho, nas duas cidades. Os projetos básico e executivo da nova linha, no entanto, podem propor alterações no que foi apresentado.

Ferroanel

Segundo o secretário de Transportes Metropolitanos, Jurandir Fernandes, parte das mudanças pode vir de uma reunião marcada entre governo do Estado e governo federal na semana que vem. As autoridades vão discutir propostas ligadas a outra proposta, o Ferroanel.

"A gente pode fazer algum jogo conjunto já. Que o projeto básico e executivo vai sair, está na boca da botija, vai. Agora, pode ser que a gente dê uma analisada com o Bernardo Figueiredo (presidente da Empresa de Logística e Transporte, estatal recém-criada pelo governo federal, com orçamento de R$ 133 bilhões). Se eles querem fazer alguma coisa conjunta, então a gente vai dar uma pensadinha", disse Fernandes.

O secretário, no entanto, garante que a obra será realizada. "Não existe hipótese nenhuma de a gente cancelar o nosso Expresso Jundiaí. Isso é ponto pacífico. O que pode acontecer, se acontecer, é a gente fazer algum trabalho conjunto, acelerando nossa parceria com o Ferroanel ou até com o TAV (Trem de Alta Velocidade)".

O Ferroanel é uma proposta discutida há décadas por Estado e União para retirar os trens de carga que cruzam a capital para chegar ao Porto de Santos, no litoral. Hoje, os trens utilizam as linhas da CPTM, compartilhando cargas e usuários. Com o Ferroanel, os trens dariam a volta ao redor da cidade, sem passar nos trilhos da CPTM.