Acatando representação da Secretaria de Logística e Transportes, o Tribunal de Contas da União (TCU) entrou com uma medida cautelar, em 28 de março, que impede que a Agência Nacional de Energia Elétrica (Aneel) assine o contrato de concessão da hidrelétrica de Três Irmãos, que foi recentemente leiloada, em São Paulo. A representação  encaminhada pela SLT, em fevereiro de 2013, solicitava que o leilão contemplasse tanto a operação da usina quanto da eclusa e Canal de Pereira Barreto.  A Secretaria enfatizou que as operações não podem ser realizadas separadamente, pois traz sérios riscos à segurança da navegação.

O TCU determinou que a Aneel  esclareça, em 15 dias, as dúvidas  principalmente em relação a operação das eclusas instaladas ao lado da usina de Três Irmãos.

A Usina e a eclusa de Três Irmãos eram operadas  pela CESP - Companhia Energética de São Paulo até 2011, quando venceu o contrato de concessão. A companhia recusou a proposta para renovar o contrato e a Agência Nacional de Energia Elétrica (Aneel)  decidiu  licitar  a concessão apenas da usina,  sem incluir a eclusa e o Canal de Pereira Barreto, o que gerou o questionamento da SLT.