Dos 63 mil quilômetros de extensão existentes, apenas 41.635 km são de vias navegáveis e, destas, apenas 50,3% são economicamente navegadas. A pesquisa CNT da Navegação Interior 2013 pontua as características da infraestrutura, a movimentação de cargas, os principais gargalos e apresenta soluções para o aperfeiçoamento do sistema hidroviário nacional.

Entre os principais problemas do setor identificados na pesquisa estão à ausência de manutenção nas vias navegáveis, a falta de investimentos do governo, o alto custo de manutenção da frota e o excesso de burocracia.

De acordo com a Pesquisa, os níveis de investimentos em infraestrutura hidroviária apresentam-se abaixo das necessidades do setor. No acumulado entre 2002 e junho de 2013, o valor de investimentos autorizados pelo governo federal no setor foi de R$ 5,24 bilhões, mas apenas R$ 2,42 foram realmente aplicados.  Seriam necessários então investimentos de, aproximadamente, R$ 50,2 bilhões em melhorias na infraestrutura das hidrovias no país. Foram avaliados ainda as conexões das hidrovias com os outros modais de transporte.